凝膠遷移或電泳遷移率實驗(electrophoreticmobilityshiftassay,EMSA)是一種體外研究DNA結(jié)合蛋白（轉(zhuǎn)錄因子）和其相關(guān)的DNA結(jié)合序列（靶標(biāo)基因的啟動子序列）相互作用的技術(shù)，可用于定性和定量分析。

　　通用蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合分析試劑盒（比色），用于測量核提取物中轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合活性。在實驗中，含有靶向轉(zhuǎn)錄因子的DNA結(jié)合共有序列的標(biāo)記的雙鏈寡核苷酸（寡核苷酸）與結(jié)合試驗緩沖液中的核提取物一起溫育。核提取物中活性形式的轉(zhuǎn)錄因子與其共有序列結(jié)合。然后將寡蛋白復(fù)合物捕獲到測定微孔上。靶蛋白可以通過高親和力抗體識別，并通過檢測抗體-顯色試劑反應(yīng)系統(tǒng)進行比色測量。

　　EMSA實驗根據(jù)實驗方案設(shè)計的不同，分為驗證型EMSA、競爭型EMSA、超遷移EMSA。

　　一、驗證型EMSA

　　用于驗證探針是否含有可與蛋白質(zhì)結(jié)合的位點。

　　探針與純化蛋白混合孵育，探針與蛋白結(jié)合與否，可以直接表明探針和蛋白的互做關(guān)系。蛋白提取液中蛋白質(zhì)混雜，種類不單一，探針可能與多種蛋白結(jié)合。因此，探針與蛋白提取液混合孵育，可以驗證探針上是否含有蛋白結(jié)合位點，但是無法得知是何種蛋白與探針結(jié)合。

　　二、競爭型EMSA

　　與探針序列相同，不含修飾基團的DNA的片段稱為冷探針。

　　在探針與蛋白質(zhì)混合液中加入大量冷探針，冷探針含有和探針相同的DNA序列，會干擾探針與蛋白的結(jié)合。在電泳圖的相應(yīng)位置處，電泳帶的的信號減弱或消失。

　　探針和蛋白的結(jié)合未必是特異性結(jié)合，或者蛋白本身可能含有，二者均能產(chǎn)生假陽性的實驗結(jié)果。增加一個冷探針的干擾實驗，可以排除假陽性結(jié)果，增加實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性。

　　三、超遷移EMSA

　　超遷移EMSA利用到了與待檢測的目的蛋白特異性結(jié)合的抗體。

　　如果蛋白質(zhì)溶液不是單一的純化蛋白，無論是驗證型EMSA，還是競爭型EMSA，都無法證明和探針結(jié)合的蛋白質(zhì)就是我們所預(yù)期的。在實驗體系中引入特異性抗體，用抗體特異性地結(jié)合蛋白-探針復(fù)合物，這就是超遷移EMSA。

　　蛋白-探針復(fù)合物被抗體識別并結(jié)合，該三聚復(fù)合物在凝膠電泳中，遷移速率再次增大，電泳帶出現(xiàn)在蛋白-探針復(fù)合物的上方。

　　超遷移EMSA是以競爭型EMSA為基礎(chǔ)的實驗方案。超遷移EMSA的實驗結(jié)果可以很好的驗證探針是否和蛋白結(jié)合，是否是特異性結(jié)合，與探針結(jié)合的蛋白是否是預(yù)期的蛋白質(zhì)。