DNA Pull Down是一種研究DNA與蛋白互作的方法。其原理是：標記的DNA片段結合在鏈霉親和素磁珠上，再與核蛋白孵育，從而捕獲并純化出與DNA片段互作的蛋白。捕獲的蛋白一方面可以通過Western blot驗證某一特定蛋白是否與靶DNA片段結合；另一方面也可以進行質譜鑒定，篩選出與DNA片段可能互作的蛋白質。

　　鏈霉親和素之間的相互作用是已知的強烈的非共價相互作用。其中，活化的可以與幾乎所有已知的由蛋白質交聯(lián)劑介導的生物大分子偶聯(lián)。因此，用標記核酸后，可以利用和鏈霉親和素之間的親和相互作用來純化多種生物分子復合物。

　　DNA下拉實驗從設計用于目標區(qū)域的DNA探針開始，該探針用脫硫標記，并與與磁珠偶聯(lián)的鏈霉親和素結合。細胞核提取物與珠子-DNA探針一起孵育以純化與目標DNA片段結合的蛋白質復合物，然后將其洗脫以獲得DNA片段的結合蛋白質。

　　DNA pull down是體外研究DNA與蛋白互作的有力工具。該技術將標記的DNA片段結合在鏈霉親和素磁珠上，再與細胞核蛋白孵育，純化出與DNA片段互作的蛋白，洗滌洗脫得到的蛋白產(chǎn)物，做western-blot檢測特定蛋白是否與靶DNA片段結合；做質譜鑒定即可篩選出與DNA片段可能互作的蛋白信息（如具體某個或某些轉錄因子/組蛋白等）。