引言 

對(duì)于生信分析，Linux命令是需要掌握的技能。本文系統(tǒng)整理六大核心場景的常用命令（文本處理、權(quán)限管理、壓縮解壓、文件查看、集群空間、管道符），附詳細(xì)示例，助你擺脫"邊查邊用"的困境?。ㄎ哪└接?00+命令）

 一、文本處理 

場景：數(shù)據(jù)清洗、配置修改、文件重命名等

1. grep - 文本搜索 

1.1  搜索包含"error"的行（區(qū)分大小寫） 

grep "error" app.log 

1.2  忽略大小寫 + 顯示行號(hào) 

grep -in "timeout" system.log 

1.3  遞歸搜索目錄下所有文件 

grep -r "connection refused" /var/log/

2. sed - 流編輯器 

2.1  替換文件中所有"old"為"new" 

sed 's/old/new/g' config.txt 

2.2  刪除空白行 

sed '/^$/d' data.txt 

2.3  僅修改第5行內(nèi)容     

sed '5s/hello/world/' test.txt 

3. awk - 文本分析工具 

3.1  提取日志中第1列（默認(rèn)空格分隔） 

awk '{print $1}' access.log 

3.2  統(tǒng)計(jì)Nginx日志狀態(tài)碼出現(xiàn)次數(shù) 

awk '{print $9}' access.log | sort | uniq -c 

3.3  自定義分隔符（CSV文件） 

awk -F ',' '{print $2,$3}' data.csv 

4.rename – 重命名工具

4.1  將當(dāng)前目錄下所有csv改為為txt

reame ‘csv’ ‘txt’ *

 二、目錄與權(quán)限管理 

場景：系統(tǒng)部署、多用戶協(xié)作 

1. 權(quán)限控制 

1.1  賦予用戶執(zhí)行權(quán)限 

1.1.1 chmod u+x script.sh 

1.2  遞歸修改目錄權(quán)限

1.1.2 chmod -R 777 /home/

1.3  權(quán)限修改速查表

理解為r=4，w=2，x=1

2. 目錄操作 

2.1  創(chuàng)建多級(jí)目錄 

mkdir -p src/utils/helpers 

2.2  復(fù)制保留文件屬性

cp -a backup/ /mnt/archive/ 

2.3  安全刪除（確認(rèn)提示） 

rm -i *.tmp 

 三、壓縮與解壓技巧 

場景：數(shù)據(jù)備份、文件傳輸 

關(guān)鍵參數(shù)解析：

-z：gzip壓縮 

-j：bzip2壓縮 

-v：顯示過程 

-C：指定解壓目錄 

四、文件查看與編輯 

場景：實(shí)時(shí)監(jiān)控日志、快速定位配置 

1. 查看文件內(nèi)容 

1.1  查看文件尾部（實(shí)時(shí)追蹤日志） 

tail -f /var/log/nginx/access.log 

1.2  顯示文件1-100行 

head -n 100 data.csv 

1.3  查看大文件（支持搜索跳轉(zhuǎn)） 

less -SN system.log 

2. 查看目錄 

2.1  查看目錄下文件

ls /home/

2.2  查看目錄下文件權(quán)限，修改日期等詳細(xì)信息

ls -lh /home/

五、集群空間管理 

場景：分布式存儲(chǔ)、磁盤預(yù)警 

1. 磁盤空間分析 

1.1  查看各分區(qū)使用率 

df -h 

1.2  統(tǒng)計(jì)目錄大小

du -sh *

2. 內(nèi)存與進(jìn)程監(jiān)控 

2.1  實(shí)時(shí)顯示所有用戶CPU/內(nèi)存占用 

top 

2.2  顯示當(dāng)前用戶任務(wù)以及CPU/內(nèi)存占用

ps fux

 六、管道符應(yīng)用 

場景：復(fù)雜數(shù)據(jù)處理、自動(dòng)化腳本 

1.    上一條命令輸出作為下一條命令輸入

1.1  查看各分區(qū)使用率并用less顯示

df -h | less -SN

七、命令速查表：

1 文件和目錄操作命令

2 文件過濾及內(nèi)容編輯處理命令

3 信息顯示與文件搜索

4 文件備份與壓縮命令

5 用戶管理及用戶信息查詢命令

6 磁盤與文件系統(tǒng)管理命令

7 進(jìn)程管理命令

命令作用

8 網(wǎng)絡(luò)管理命令

命令作用

9 系統(tǒng)管理工具