轉(zhuǎn)錄調(diào)控可以控制轉(zhuǎn)錄何時發(fā)生以及產(chǎn)生多少RNA。被RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄的基因可被至少五種機制所調(diào)控：特異性因子會改變RNA聚合酶對于特定啟動子或一套啟動子識別的特異性，使得RNA聚合酶更多或更少地結(jié)合到這些啟動子上（如原核轉(zhuǎn)錄中用到的σ因子）。阻遏因子會結(jié)合到DNA鏈上的靠近或覆蓋啟動子區(qū)域的那些非編碼序列上，阻礙RNA聚合酶順利進入此鏈，故阻礙了基因的表達(dá)。通用轉(zhuǎn)錄因子：這些轉(zhuǎn)錄因子將RNA聚合酶安放至編碼蛋白序列的起始位置，繼而釋放聚合酶以轉(zhuǎn)錄mRNA。激活因子增強RNA聚合酶與特定啟動子的相互作用，促進基因的表達(dá)。激活因子通過增強RNA聚合酶對啟動子的吸引而達(dá)到此作用，這一機制是通過與RNA聚合酶亞基的相互作用或間接通過改變DNA結(jié)構(gòu)而實現(xiàn)的。增強子是位于DNA螺旋結(jié)構(gòu)上的一些位點，它們通過與激活因子相結(jié)合以將DNA彎曲使特定啟動子朝向起始復(fù)合物。

　　對真核細(xì)胞基因轉(zhuǎn)錄的調(diào)節(jié)控制目前知道得很少。同種高等生物每個個體的各個體細(xì)胞都有全套相同的基因，只是由于在發(fā)育過程中基因表達(dá)的調(diào)節(jié)控制（包括轉(zhuǎn)錄的調(diào)節(jié)控制）不同，因而發(fā)育成各種不同的組織和器官。目前認(rèn)為，動物（包括人）都含有癌基因，但有的致癌，有的則不致癌，這也可能是由于轉(zhuǎn)錄與翻譯的調(diào)控不同。另外，真核DNA中的結(jié)構(gòu)基因只占總量的10%左右，大部分DNA順序都可能起調(diào)節(jié)控制作用。真核生物也有誘導(dǎo)酶和誘導(dǎo)蛋白質(zhì)，如干擾素就是由病毒或雙鏈RNA等誘導(dǎo)產(chǎn)生的一種蛋白質(zhì)。